No início de Naruto Online, os modos de jogo serão ativados progressivamente à medida que sobe de nível. De forma a ajudar os jogadores a conhecer todos estes modos e se tornarem cada vez mais fortes, apresentamos aqui os primeiros sistemas que vão encontrar. Nível 5 — O Salão de Benefícios é ativado O Salão de Benefícios contém todos os pacotes de benefícios que pode obter no jogo. Incluindo o Check-in Diário, os Benefícios Diários, os Pacotes de Nível, os Pacotes de Força e a Recuperação de Recursos. Nível 6 — O Pacote 7 dias é ativado No dia em que o jogador fez login no jogo pela primeira vez pode retirar o primeiro prêmio do Pacote 7 dias. A cada dia subsequente será liberado mais um prêmio até ter obtido todos os prêmios. Nível 8 — O polimento de equipamentos é ativado O sistema de Fortalecimento de Equipamentos é ativado no nível 8. O sistema de Fortalecimento de Equipamento inclui: Fortalecimento de Equipamento, Evolução de Equipamento, Incrustação de Magatamas, Refino de Equipamento e Polimento de Equipamento. Nível 11 — Recrutamento de Ninjas O sistema de Recrutamento de Ninjas é a forma mais direta de obter ninjas. Gastando Pergaminhos de Laços e Pergaminhos de Selamentos pode abrir o Baú Laços e o Baú do Selo e terá a possibilidade de obter ninjas. Nível 16 — A função Guilda é ativada Ser parte de uma guilda permite-lhe obter Habilidades de Guilda. Os jogadores podem utilizar a contribuição da guilda para elevar o nível das habilidades da guilda e aumentar a sua força. A contribuição pode ser obtida através de escoltas e saques. Nível 17 — As Missões Diárias são ativadas As Missões Diárias são uma das formas mais importantes de obter experiência da personagem principal. As missões disponíveis são bastante regulares e são renovadas às 5 horas da manhã.