Depende de conta pra conta, mas os ninjas mais fortes de vc sempre serão os 3 Primeiros da Barrinha de Ninja. Ex:

Atá saquei não sabia disso

Existe um guia coreano onde estão especificados os ninjas mais fortes do jogo (força base)
Infelizmente eu perdi o arquivo, mas creio que o iruka seja o ninja com maior força base do jogo.
A galera costuma responder que isso depende da conta etc. Em certa análise, até que sim, pois por óbvio, se você desenvolver mais tais ninjas, serão os mais fortes da sua conta.
Porém, creio que sua pergunta é a seguinte: Se dois ninjas se encontrarem no mesmíssimo grau de desenvolvimento, qual deles será o mais forte, no quesito números?
Como te disse, existe sim um guia, uma tabela, algo do tipo. E, como também disse antes, se eu não estou enganado, o Iruka era o primeiro dessa lista.

Eu também não sei ao certo, mas creio que não seja o Iruka. Acredito que seja um ninja que tenha os atributos base equilibrados. Iruka, por exemplo, tem muito ataque, mas o ninjutsu dele não é tão alto. Já o Sasuke tem tanto ataque quanto ninjutsu equilibrado.

Uma vez eu vi aqui no fórum, que supostamente se os ninjas estivessem no mesmo up os q mais teriam força eram o sasuke e orochimaru e o iruka tbm