Bom, em outros jogos, esses bônus de penetração em ataque físico ou ataque mágico são valores de ataques que ignoram a defesa do inimigo. Se o naruto seguir a mesma linha, ficaria mais ou menos assim:

Penetração Taijutsu seria uma porção do ataque taijutsu (físico) que ignora a defesa do adversário
Penetração Ninjutsu seria uma porção do ataque ninjutsu (mágico) que ignora a resistência do adversário

posso também estar equivocado, quem souber melhor, é só falar.