baseado em meus conhecimentos, acredito q o escudo não será baseado na resistência após o uso das raízes, pois ele é definido pela resistência base do personagem, sem os buffs. Me corrijam se estiver errado.
E a ordem de quem inicia os buffs depende da ordem q vc colocou os personagens em campo. Por exemplo, se eu coloco o iruka e o naruto no mesmo time, e o iruka seja movido na formação depois do inaruto, os escudos tbm vão abranger os clones. Caso o naruto seja colocado por ultimo, isso não acontece.