Acho que já deram essa ideia, mas eu gostei bastante, então estou aqui dando a mesma sugestão:

Uma sacada legal seria deixar de utilizar as outras vilas apenas como figurantes e no ato da criação do personagem dar a opção de escolha de qual vila ele gostaria de pertencer.
Outra coisa bacana que me veio em mente agora é o seguinte, quando acabar os lvl (não ter mais como upar) poderiam fazer uma "guild de renegados" tipo a akatsuki, porém não seria um líder player, e sim um npc que te daria missões para fazer e ganhar itens ou ninjas limitados pra não perder a graça depois de upar td possível. E unindo as duas ideias, quando o jogador entrasse pra tal akatsuki, ele não faria mais parte da sua vila natal e poderia ganhar um título de renegado, sei lá..só uma sugestão pra ficar mais parecido com o anime ;P

Seria legal implementarem um sistema de "trade" entre os jogadores, pq aí daría pro pessoal das guilds fazer eventos internos dando prêmios aos envolvidos fazendo com que os integrantes contribuíssem mais com a guild, além de no âmbito geral do servidor, os jogadores mais avançados poderem vender os itens que não servem mais para upar equips, por exemplo, para os jogadores mais novos, assim os mais novos economizariam a saúde gasta com raid por itens e os mais avançados ganhariam uns trocados.