Cara não tem essas "habilidades secretas", cada ninja possui habilidades diferentes e quando combinadas com determinados ninjas ou em determinadas ocasiões elas são ativadas. Como por exemplo o Sasuke 3 estrelas, quando vc dá 10 hits eles causa chamas ou a Karin que tambem causa veneno ao ter 10 hits. Debuffs e Skills dependem de cada personagem.

Ah certo, me desculpe pelo equivoco. Eu acabei dando uma pesquisada aqui e encontrei algo q possa te responder. Estarei colocando o texto abaixo:
HIJUTSU ( 秘術 , 'Jutsu Secreto')
Habilidades especiais e secretas limitadas a certos indivíduos (passadas pela família) ou a clãs com linhagem avançada de sangue (kekkei genkai). Podem ser adquiridas através de transplante ou experiência genética (como aconteceu com Hatake Kakashi e Yamato, respectivamente). Esse tipo de jutsu não é classificado em nível de dificuldade por ser exclusivo de determinadas famílias.
Exemplos: Haku (Hyuuton), Hyuuga Neji (Jyuuken Ryuu), Kaguya Kimimaro (Habilidade de controlar a forma dos ossos), Shodai Hokage (Mokuton, Controle sobre bijuu/jinchuuriki), Yamato (idem Shodai Hokage), Nara Shikamaru (Kage Mane no Jutsu).

Então man ali diz sobre isso, "Habilidades passadas pela família". No caso de Shikamaru, jutsu das sombras, Ino o da mente e Choji o de crescer. Ela se refere tanto a Kekkei Genkai, quanto habilidades específicas de cada família.