Cara, pelo que eu vi, o emparelhamento dessa arena segue o critério do preço/raridade dos ninjas usados. Testa ir com ninjas mais baratos, tipo choji despertado ou iruka.

Outra forma, é vc ir nos atributos do ninja e ver quanto de 1 ataque ele dá: se 3 estrelas ele dá 30 ou mais de 1 ataque (o ideal é abaixo de 15) e vc coloca todos os seus ninjas com essas características na sua comb, é certeza que vai atrair kimimaru na arena 3x3. Um exemplo são os ninjas da temporada como a ajisai (que é ruim, mais dá quase 30 de 1 ataque 3 estrelas) que atrai os kimimaru na arena.

Assim, basta vc ver qual ninja vc tá usando e o qual está atraindo seu tão temido inimigo.

Obs: É apenas uma suposição minha, mas que vem mi ajudando muito a fazer a arena 3x3 tranquilamente.