Sim, investir em dano elemental vale a pena. Atualmente, Ataque e Ninjutsu são atributos que não fazem muita diferença em luta (em pequena escala, como em ferramentas e roupas). As ferramentas ninja é o único sistema, atualmente, em que se pode ter resistência elemental, enquanto Ataque e Ninjutsu estão em diversos outros.

Você pode conferir um guia sobre resistência elemental aqui: Dano Elemental | A Estratégia dos Jogadores Avançados

Nesse guia há uma tabela com a maioria dos ninjas do jogo e seus respectivos danos elementais.

Aqui há uma contagem total (não atualizada):

Havia esquecido do sistema de Ajuda Ninja, perdão.

A tabela mostra quantos ninjas possuem esotérica, perseguição e ataque básico de determinado elemento. Fogo, por exemplo, tem 26 ninjas com esotérica de dano elemental de fogo, 26 ninjas com perseguição e 9 ataques básicos (tabela não está atualizada). Pode conferir cada ninja na tabela completa que está no guia.

Quanto as ferramentas, eu daria preferência para ataque crítico, mas tente equilibrar com dano crítico também.