acho que eu entendi o que você quis dizer!

Você está dizendo que as habilidades que você seleciona, aparecem diferentes quando usa-se o mouse encima do personagem principal para ver as habilidades atuais, mas acontece que as habilidades, são diferentes das que você escolheu, mas quando abre a janela de habilidades, estão em uso as habilidades que você havia selecionado...é isso que quer dizer?

Se for isso, já aconteceu comigo, e eu percebi que o jogo tem uma especie de atualização quando se muda as habilidades.

o que aconteceu com você foi que o jogo atualizou a janela de habilidades do seu personagem, mas por algum motivo ele não atualizou a ''descrição'' do seu personagem, sendo assim, quando você coloca o seu mouse encima do personagem, ele mostra as habilidades que você estava usando antes de mudar, por conta do jogo não ter atualizado os ícones das habilidades.

como você mesmo disse, é apenas um bug visual, acredito que se você da janela ninjas e entrar novamente o bug vai ter desaparecido.