Eu tenho exatamente o mesmo problema e tenho que dizer.

Não se ofenda mas essa solução é óbvia e não resolve o problema.

As runas são úteis e a intenção é guardar elas,o problema real é o espaço gasto no inventário.Principalmente depois que liberar o nível 95,tente imaginar 100 ninjas chegando ao nível 95 no mesmo dia,as runas acumuladas vão ser consumidas rapidamente,por isso vender não é uma solução já que elas vão ser necessárias no futuro.

O ideal seria se elas fossem mantidas em um local separado igual as moedas das lojas ou,se isso não for possível, programar para caber mais por espaço.Ao invés de só 30000 por espaço colocar umas 100000 ou algo do tipo.Claro que no longo prazo ter um local separado seria muito mais eficiente.