Habilidade Secreta é uma habilidade que apenas alguns ninjas podem usar por alguma dificuldade que outros ninjas tem de realizar(se me recordo bem no anime) mas no jogo você pode ver isso botando a seta do mouse sobre o ninja e vendo se la encima tem o simbolo de habilidade secreta que não me lembro como é mas sei que Ino e Shikamaru possuem.